元气骑士拥有一个庞大且复杂的武器系统，游戏中的武器数量众多，据不完全统计有将近400种，玩家可以在地牢中自由选择搭配进行闯关。这些武器总体上可以分为近战武器和远程武器两大基本类别，近战武器主要用于格挡子弹或与敌人近距离搏斗，而远程武器则能安全地攻击远处的敌人。根据游戏内的官方分类，武器还可以按照稀有度进行区分，并有十种主要的类型，为玩家提供了极其丰富的选择。
游戏中的武器种类非常齐全，涵盖了各种攻击方式。常见的远程攻击武器包括手枪、冲锋枪、散弹枪和火炮等枪械类型，它们消耗能量进行射击，各有特点，例如手枪耗能低但攻击也低，散弹枪则擅长扇面群攻。还有激光类武器，可以发射光球或光条造成持续伤害，以及弓箭类武器，蓄力后能必定暴击。这些远程武器构成了玩家输出火力的核心。
近战武器方面，主要以刀剑类为代表，这类武器通常不消耗能量，挥动时能够抵消敌人的子弹，但对玩家的操作技巧有一定要求。除了常规武器，游戏中还存在一些功能特殊的类别，例如魔杖类武器可以释放华丽的弹幕进行远攻，投掷类武器能造成高额伤害但有冷却时间，以及一些效果各异的恶搞类武器。更特别的是，游戏中还有召唤型武器，如死灵法杖可以召唤骷髅战士，雪人之鹰能在暴击时召唤雪人协助作战，为战斗提供了更多策略性。
武器的威力不仅取决于其本身，还离不开丰富的配件系统进行强化。游戏中有多达33种武器配件，可以适配于不同类型的武器以产生各种效果。子弹鱼配件能让枪械有几率发射穿透性的子弹鱼，磨刀鱼可以提升近战武器的伤害，而藤壶则适用于所有武器，能以降低攻速为代价增加伤害。这些配件极大地扩展了武器的玩法与成长空间。
许多武器除了基础攻击外，还拥有特殊的攻击模式或效果。部分武器通过长按或点击特殊按键，可以触发第二种攻击方式，例如产生范围旋转的枫叶或将自己顶飞位移。游戏中还存在一个深入的武器合成体系，玩家可以将特定的两把或三把武器合成为更强大的新武器，例如将不同的鹰类武器与樱花散弹枪合成，或者将不同颜色的光剑组合起来，这也是玩家获取和体验顶级武器的重要途径。
武器的获取与成长贯穿游戏始终，玩家通过在地牢中探索，可以随机获得各种各样的武器，击败不同关卡的怪物和首领也能收集到用于锻造武器的特定材料。一些强大的武器需要玩家多次获取蓝图后才能解锁锻造，而通过使用诸如磨练石等材料，玩家还能在村庄里对武器进行强化升级，从而不断提升自己的战斗力以应对更艰难的地牢挑战。
