解决舰队停泊问题的基础操作之一是管理舰队的自动返回行为。玩家可以手动控制舰队在完成行动后的停泊位置，通过关闭自动返回基地的选项，使舰队在执行完攻击或采集等指令后停留在行动终点，而非默认撤回基地。这一设置对于需要舰队在特定区域保持存在、执行连续任务或进行战略部署时尤为重要，是实现精确停泊控制的第一步。
港口设施的规划与管理是解决船只停泊问题的核心。游戏中的基地设有军事港口和资源港口，分别用于停泊战斗舰船与工程、运输类舰船，两者拥有独立的停泊位计算。港口等级直接决定了可同时停泊的舰船数量上限，当停泊位不足时，新生产的舰船将无法入驻。依据舰队发展规划，优先升级相应类型的港口以扩充容量是长期解决方案，而临时应对停泊位紧张时，则可以考虑在船舰管理界面中，将已编入舰队的船只解散回港区，或退役部分旧舰船来腾出空间。
在进行资源采集或远程行动时，灵活运用计划圈和前哨站是优化停泊与行动效率的关键策略。由于所有舰队行动都必须在计划圈内进行，在目标资源点或战略位置预先建立计划圈是前提。为了避免主力舰队在集结或采集时发生拥堵，可以派遣高速侦察舰或单艘工程舰先行抵达目标点建立前哨站或占据位置，随后再使用增援功能调动主力舰队，这能有效避免大编队同时挤占同一位置导致的堵船现象。对于资源采集，建立采矿前哨站并迁移基地进行对接，能节省计划圈占用，并使工程船的停泊与作业更为高效。
参与同盟的大型活动，如攻城或联合行动时，停泊策略直接影响团队协作效率。在攻击拥有守卫舰队的城市或据点时，应注意舰队部署的站位。主力舰队应避免全部挤入攻城计划圈内部，可以停留在计划圈虚线外侧待命，仅派遣部分舰船进入触发战斗，为盟友舰队留出停泊与交战空间。在远距离调动时，若目标地有己方或盟友的建筑，舰队会先以曲率航行至该建筑附近，再常规航行至终点，这是一种间接的停泊与中转策略，合理规划此类路径能节省大量时间。加强与盟友的沟通，协调各自的抵达时间和站位，是预防大规模拥堵的根本。
理解停泊状态的差异有助于解决问题。舰船可能处于港区内、舰队中或航行中等不同状态。有时玩家会发现舰船既不在基地港口内显示，也无法直接操作，这通常是因为其正以舰队形式停泊在基地附近的空间中。此时需要进入船舰管理界面，在舰队中选项下找到对应舰队并将其解散，舰船才会返回港口停泊列表，从而可以进行维修、重组或退役等操作。定期检查并整理舰队编制与港口停泊情况，是维持战斗力和资源运转顺畅的良好习惯。
